نوع مقاله : مقاله پژوهشی
نویسندگان
1 موسسه تحقیقات کشاورزی دیم کشور، معاونت سرارود، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرمانشاه، ایران
2 مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان ایلام، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، ایلام، ایران
3 مرکز تحقیقات آموزش کشاورزی و منابع طبیعی گلستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، گنبد- ایران
چکیده
مقدمه: نخود در بیشتر از 50 کشور کشت میگردد و در مقیاس جهانی، پس از لوبیا و نخودفرنگی، مقام سوم را از لحاظ تولید و سطح زیر کشت به خود اختصاص داده است. گیاه نخود توسط عوامل بیماریزای متعددی از قبیل قارچها، باکتریها، ویروسها و نماتدها مورد حمله قرار میگیرد که بیماری پژمردگی و بوته زردی با عامل Fusarium oxysporum f.sp. ciceris و پوسیدگی سیاه ریشه با عامل Fusarium solani از مهمترین بیماریهای قارچی این گیاه محسوب میشوند. گونههای فوزاریوم همراه ریشه و طوقه نخود هم بهعنوان ساپروفیت و غیر بیماریزا و هم به شکل مهاجم و بیماریزا روی نخود گزارش شدهاند. شناسایی و بررسی تنوع میان گونهها امکان برنامهریزی بهتر برای مدیریت بیماری و همچنین جایگاه درست طبقهبندی این قارچ را فراهم میسازد؛ لذا این تحقیق با هدف شناسایی گونههای قارچ فوزاریوم مرتبط با پژمردگی و پوسیدگی ریشه و طوقه نخود از مزارع کشت نخود در استانهای کرمانشاه، ایلام و گلستان انجام گرفت.
روش شناسی پژوهش: نمونهبرداری از گیاهان دارای علایم بیماری پژمردگی و پوسیدگی ریشه و طوقه از مزارع نخود استانهای کرمانشاه، ایلام و گلستان صورت گرفت. قطعات بافتهای آلوده پس از ضدعفونی سطحی به مدت سه دقیقه با هیپوکلریت سدیم 5% ، با آب مقطر سترون شستشو شده و پس از خشککردن با حوله کاغذی سترون، روی محیط کشت (PDA) Potato Dexterous Agar کشت داده شدند و تشتکهای پتری برای مدت 10-5 روز در دمای 25 درجه سانتیگراد قرار داده شدند. پس از کشت و خالصسازی جدایهها، اثبات بیماریزایی جدایههای فوزاریوم روی رقم نخود حساس به بیماری (ILC 1929) انجام شد. استخراج DNA جدایهها به روش Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) انجام شد. ترادف نوکلئوتیدی ناحیه ITS-rDNAدر پایگاه اطلاعاتی NCBI با نرمافزار BLAST با ترادفهای موجود در بانک ژن مقایسه و ثبت شد. فیلوگرام بر اساس تطابق ترادف نوکلئوتیدی با استفاده از روش حداکثر درستنمایی بهوسیله نرمافزار MEGA6.0 و بر اساس 1000 تکرار (bootstrap) رسم گردید.
یافتههای پژوهش: بر اساس ویژگیهای ریختشناختی و دادههای مولکولی حاصل از تکثیرITS-rDNA گونههای F. solani ، F. acuminatum ، F. equiseti ، F. oxysporum f. sp. ciceris و Fusarium spp. مورد شناسایی قرار گرفتند که در بین آنها F. oxysporum غالبترین و شایعترین گونه بوده و از بیشترین فراوانی برخوردار بود. گونههای F. acuminatum و F. equiseti بیشتر از گیاهان بالغ جداسازی شدند، درحالیکه گونههای F. oxysporum و F. solaniدر تمامی مراحل رشد، از گیاهچه تا غلافدهی قابلجداسازی بودند. درخت فیلوژنتیکی بر اساس مقایسه توالی نواحی ITS- rDNA، گونههای شناسایی شده فوزاریوم را در چهار گروه فیلوژنتیکی طبقهبندی کرد. نتایج نشان داد که استفاده از توالییابی ناحیه ITS-rDNA میتواند بهعنوان یک روش مکمل مناسب برای شناسایی گونههای مختلف فوزاریوم به کار گرفته شود.
کلیدواژهها
موضوعات
عنوان مقاله [English]
Identification of Fusarium species associated with crown, root rots and wilting of chickpea in moderate regions of Iran
نویسندگان [English]
- Farshid Mahmodi 1
- Javad Ashrafi 2
- masoumeh kheyrgou 3
1 Dryland Agricultural Research Inst. (DARI), Agricultural Research, Education and Extension Organization, Kermanshah. Iran
2 Illam Agricultural and Natural Resources Research and Education Center, Agricultural Research, Education and Extension Organization, Illam, Iran.
3 Agricultural Education and Natural Resources Research Center of Golestan, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Gonbad, Iran
چکیده [English]
Introduction: The chickpea (Cicer arietinum L.) is grown in more than 50 countries and is the third most important food legume in the world after beans and peas in terms of both cultivated area and total production. Chickpea is affected by a wide range of fungal and viral diseases that can cause economic losses. Among these diseases, fusarium wilts and root rot, caused by Fusarium oxysporum f.sp ciceris and F. solani, respectively Are the most important soil-brone pathogens affecting chickpea. These assays will provide plant pathologists a valuable tool to refine the control and management of diseases caused by Fusarium spesies in chickpea. The present study aimed to identify the Fusarium species associated with root rots and wilting of chickpea, as well as the pathogenic strains affecting the crop.
Methodology: Fusarium species were isolated from roots of chickpea plants showing wilt and yellowing symptoms in different chickpea-growing regions of Kermanshah, Illam and Golstan provinces. Plant samples were cut into small pieces, washed under running water for 20 mins, sterilized with 5% sodium hypochlorite for 3 minutes, rinsed in sterile distilled water, and then placed on filter papers. Afterward, the pieces were transferred to petri dish containing potato dextrose agar media (PDA). All the plates were incubated at 25° C for 5-10 days. To determine pathogenicity, purified isolates of Fusarium species were used. Total DNA was extracted using a modified protocol previously described by Talbot et al. Each fungal species was characterized morphologically and molecularly based on DNA sequence data for ITS-rDNA. The PCR sequencing products of the tested isolates were aligned with Clustal (ver. 2). The MEGA6 program was used for phylogenetic analysis. Aligned sequences were checked for quality and compared with deposited sequences in Gene-Bank, NCBI, using BLAST.
Research findings: Based on morphological characteristics and molecular data obtained from ITS-rDNA amplification, F. solani, F. acuminatum, F. equiseti, F. oxysporum f. sp. ciceris and Fusarium spp. were identified in the samples, among which F. oxysporum was the most dominant and common species and had the highest abundance. F. acuminatum and F. equiseti were mostly isolated from adult plants, while F. oxysporum and F. solani were isolated at all stages of growth, from seedling to podding. The phylogenetic tree, based on the comparison of ITS-rDNA sequences, classified the identified Fusarium species into four phylogenetic groups. The results showed that the use of ITS-rDNA sequencing can be used as a suitable complementary method for the identification of different Fusarium species.
کلیدواژهها [English]
- Cicer arietinum
- ITS-rDNA
- Fusarium wilt
- Phylogenetic analysis